食用菌菌种是指在适宜基质上生长良好并已充分蔓延，可用作食用菌生产的种源菌丝体。根据培养基质的形态可将菌种分为固体菌种和液体菌种。根据菌种的来源、繁殖的代数及生产的目的，通常将菌种分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。
根据中国食用菌协会统计，2016年全国食用菌总产量达到3596.66万吨，产值2741.78亿元，栽培种类60余种，其中实现商业化栽培30种。山东省2016年食用菌总产量424.9万吨，占全国总产量12%左右，产值达270.6亿元，产量超万吨的县（市、区）有48个，产值超亿元的县（市、区）有38个。2016年聊城市食用菌投料58.5万吨，总产量约51.7万吨，总产值17.2亿元，无论产量还是规模均居山东省首位，食用菌产业已成为聊城农业中最具发展活力的增长点。
根据最新修订的“食用菌菌种管理办法（2015年第1号修订）”以下称“办法”，主要体现在以下几个方面改变：
一、不是主要作物，不用审定认定
根据“中华人民共和国种子法（2015年修订）”第三章第十五条、第二十二条的规定，国家对主要农作物和主要林木实行品种审定制度，主要农作物品种和主要林木品种在推广前应当通过国家级或者省级审定。对部分非主要农作物实行品种登记制度，列入非主要农作物登记目录的品种在推广前应当登记。
这也就意味着食用菌菌种管理和主要作物种子管理会有很大不同，登记制度意味着食用菌菌种管理将没有主要作物种子管理那么严格，这就要求菌种生产企业提高自律意识，在到行业主管部门进行登记，经审查合格依法取得《食用菌菌种生产经营许可证》后，方可进行生产经营活动。
二、 种子分级不同
根据“办法”第三条规定，菌种是指食用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料。菌种分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。而主要作物像小麦种子分良种、原种、原原种、育种家种子，玉米种按纯度标准分为常规种、自交系、单交种、双交种和三交种。食用菌母种是指由孢子、子实体组织或基质菌丝分离纯化得到的菌丝体，又称试管种，主要用于菌种保藏及扩接母种；原种是由母种扩接得到的，栽培种是由原种扩接得到的，用于生产栽培。
“办法”中第十五条规定：申请母种和原种《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人，应当具备下列条件：1.生产经营母种注册资本100万元以上，生产经营原种注册资本50万元以上；2.省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员1名以上、生产技术人员2名以上；3.有相应的灭菌、接种、培养、贮存等设备和场所，有相应的质量检验仪器和设施。生产母种还应当有做出菇试验所需的设备和场所；4.生产场地环境卫生及其他条件符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》要求。第十六条规定：申请栽培种《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人，应当具备下列条件：1.注册资本10万元以上；2.省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员1名以上、生产技术人员1名以上；3.有必要的灭菌、接种、培养、贮存等设备和场所，有必要的质量检验仪器和设施；4.栽培种生产场地的环境卫生及其他条件符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》要求。
三、许可证办理
根据“办法”第十七条规定，申请《食用菌菌种生产经营许可证》，应当向县级人民政府农业行政主管部门提交下列材料：1.食用菌菌种生产经营许可证申请表；2.营业执照复印件；3.菌种检验人员、生产技术人员资格证明；4.仪器设备和设施清单及产权证明，主要仪器设备的照片；5.菌种生产经营场所照片及产权证明；6.品种特性介绍；7.菌种生产经营质量保证制度。申请母种生产经营许可证的品种为授权品种的，还应当提供品种权人（品种选育人）授权的书面证明。
其中菌种生产经营许可证申请条件已在上文说明，菌种检验人员、生产技术人员资格证则需要通过省农业厅统一组织的培训并通过考核可以获得，用到的主要仪器设备如灭菌锅、接种箱等及必需的培养场地等需达到要求。大部分菌种生产企业的薄弱点在于品种特性介绍和生产经营质量保证制度，大多只是口头介绍和口头保证菌种质量，一旦生产出现问题极易产生纠纷。
四、标签和菌种质量合格证管理更严格
根据“办法”第二十四条规定，销售的菌种应当附有标签和菌种质量合格证。标签应当标注菌种种类、品种、级别、接种日期、保藏条件、保质期、菌种生产经营许可证编号、执行标准及生产者名称、生产地点。标签标注的内容应当与销售菌种相符。
菌种经营者应当向购买者提供菌种的品种种性说明、栽培要点及相关咨询服务，并对菌种质量负责。质量好的菌种应该无病虫害、无杂菌感染，菌丝洁白均匀，生长健壮有力，粗壮浓密，不萎缩发黄，接种后萌发快，吃料快。
农业部负责制定全国菌种质量监督抽查规划和本级监督抽查计划，县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责对本行政区域内菌种质量的监督，根据全国规划和当地实际情况制定本级监督抽查计划。县级以上人民政府农业行政主管部门可以委托菌种质量检验机构对菌种质量进行检验。承担菌种质量检验的机构应当具备相应的检测条件和能力，并经省级人民政府有关主管部门考核合格。
五、档案管理要求更高
根据“办法”第二十二条、二十三条规定，菌种生产单位和个人应当按照农业部《食用菌菌种生产技术规程》生产，并建立菌种生产档案，载明生产地点、时间、数量、培养基配方、培养条件、菌种来源、操作人、技术负责人、检验记录、菌种流向等内容。生产档案应当保存至菌种售出后2年。菌种经营单位和个人应当建立菌种经营档案，载明菌种来源、贮存时间和条件、销售去向、运输、经办人等内容。经营档案应当保存至菌种销售后2年。
六、总结
食用菌生产是一门技术活，也是一项苦力活，尤其是像草菇等喜好高温高湿的菇类生产更是十分辛苦。最新修订的“食用菌菌种管理办法（2015年第1号修订）”就是要加强菌种管理，加强对食用菌菌种企业的资质审查与管理，切实维护食用菌生产者合法权益，从源头严格治理，保障食用菌产业健康稳定可持续发展。
