《药品管理法》中的许可证共有三种：药品生产许可证、药品经营许可证、医疗机构制剂许可证，分别对应的是药品生产企业、经营企业和使用单位。对于无这三证而生产销售的，责令关闭，没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处违法生产、销售的药品（包括已售出和未售出的药品，下同）货值金额十五倍以上三十倍以下的罚款；货值金额不足十万元的，按十万元计算。
需要引起注意的是，此处并没有规定医疗机构使用无医疗机构制剂许可证的药品时应当如何处罚，因此，如果某医疗机构从其他医疗购买了该种制剂，对于出售的医疗机构，可以根据无证销售来处罚，但对于使用该制剂的医疗机构，将无法处罚。
原《药品管理法》中对药品注册证书的规定仅限于进口药品，新修订的《药品管理法》中将药品注册证书制度应用于全部药品，但相应的细则仍有待于进一步明确。
《药品管理法》中并没有对药品批准证明的具体含义进行说明，《药品注册管理办法》附件中对药品批准证明文件予以了说明。说明指出：“药品批准证明文件及其附件的复印件：包括与申请事项有关的本品各种批准文件，如药品注册批件、补充申请批件、商品名批准文件、药品标准颁布件、药品标准修订批件和统一换发药品批准文号的文件、《新药证书》、《进口药品注册证》、《医药产品注册证》等。附件包括上述批件的附件，如药品标准、说明书、标签样稿及其他附件。”随着药品注册制度的改革，相应的药品批准文件应当也会相应变化，具体内容有待管理部门进一步明确。
